中析研究所檢測中心
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中科光析科學(xué)技術(shù)研究所
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發(fā)布時間:2025-07-01
關(guān)鍵詞:單細胞轉(zhuǎn)錄組測試測試方法,單細胞轉(zhuǎn)錄組測試測試范圍,單細胞轉(zhuǎn)錄組測試測試案例
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來源:北京中科光析科學(xué)技術(shù)研究所
因業(yè)務(wù)調(diào)整,部分個人測試暫不接受委托,望見諒。
細胞捕獲效率:測量樣本中成功捕獲的細胞比例,參數(shù)包括捕獲率閾值大于85%,使用微流控技術(shù)確保單細胞隔離。
基因表達豐度:量化單個細胞中的基因表達水平,參數(shù)涉及FPKM值計算范圍0.1-100000,支持差異基因鑒定。
細胞類型鑒定:識別不同細胞亞群,參數(shù)包括聚類分析K值設(shè)置3-20,基于基因表達標(biāo)記進行自動分類。
批次效應(yīng)校正:減少實驗間變異,參數(shù)采用RUVs或ComBat方法,變異系數(shù)小于15%。
差異基因表達分析:比較組間表達差異,參數(shù)設(shè)置log2 fold change閾值大于1.5,假發(fā)現(xiàn)率FDR小于0.05。
RNA完整性:評估RNA質(zhì)量,參數(shù)要求RIN值達到7以上,使用電泳分析確保無降解。
庫復(fù)雜度:衡量測序文庫多樣性,參數(shù)包括測序飽和度指標(biāo)大于80%,避免數(shù)據(jù)偏差。
細胞存活率:檢測樣本中活細胞比例,參數(shù)設(shè)定大于90%,通過臺盼藍染色法精確測量。
污染控制:監(jiān)控外源RNA污染,參數(shù)涉及reads映射率大于95%,確保數(shù)據(jù)純凈性。
數(shù)據(jù)質(zhì)量控制:評估原始數(shù)據(jù)準(zhǔn)確性,參數(shù)要求Q30分數(shù)大于85%,覆蓋深度30x以上。
轉(zhuǎn)錄本定量:計算基因表達量,參數(shù)采用UMI計數(shù)技術(shù),誤差率小于2%。
可變剪接分析:識別剪接變異,參數(shù)包括junction reads覆蓋率大于50%,支持異構(gòu)體檢測。
癌癥研究:分析腫瘤微環(huán)境細胞異質(zhì)性,應(yīng)用于肺癌、乳腺癌等樣本的轉(zhuǎn)錄組圖譜構(gòu)建。
神經(jīng)科學(xué):研究腦組織細胞類型分布,用于阿爾茨海默癥或帕金森病模型的單細胞表達解析。
免疫學(xué):探索免疫細胞亞型功能,適用于T細胞、B細胞的激活狀態(tài)評估。
發(fā)育生物學(xué):追蹤胚胎發(fā)育軌跡,用于干細胞分化過程中的基因表達動態(tài)監(jiān)測。
藥物篩選:評估化合物對細胞的影響,應(yīng)用于抗癌藥物響應(yīng)測試的高通量分析。
干細胞研究:表征多能干細胞狀態(tài),用于iPSC重編程效率的轉(zhuǎn)錄組驗證。
傳染病學(xué):分析宿主-病原體互動,適用于病毒感染細胞的基因表達變化檢測。
個性化醫(yī)療:定制治療方案,用于患者樣本的預(yù)后標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)。
環(huán)境毒素影響:研究污染物暴露效應(yīng),應(yīng)用于重金屬或化學(xué)物對細胞轉(zhuǎn)錄組的擾動分析。
植物科學(xué):解析植物細胞功能,用于作物抗逆性基因的表達譜研究。
心血管疾病:檢測心臟組織細胞異常,應(yīng)用于心肌梗死模型的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析。
衰老研究:探索細胞衰老機制,用于端粒酶活性相關(guān)的表達變化監(jiān)測。
依據(jù)ISO 20391標(biāo)準(zhǔn)進行細胞計數(shù)和活力測定,確保單細胞分離準(zhǔn)確性。
GB/T 36755規(guī)范基因表達分析流程,涵蓋RNA提取和文庫制備步驟。
ASTM E2696標(biāo)準(zhǔn)指導(dǎo)測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制,包括序列比對和錯誤率控制。
ISO 10993標(biāo)準(zhǔn)適用于生物樣本處理,保障細胞培養(yǎng)和存儲安全性。
GB/T 19000系列管理檢測過程,實現(xiàn)實驗記錄的標(biāo)準(zhǔn)化和可追溯性。
ISO 17025確保實驗室能力驗證,覆蓋所有檢測項目的校準(zhǔn)要求。
ASTM E3130規(guī)范差異表達統(tǒng)計方法,強調(diào)p值校正和多重檢驗控制。
GB/T 22278標(biāo)準(zhǔn)用于數(shù)據(jù)存儲和共享,確保格式兼容FASTQ或BAM文件。
10x Genomics Chromium系統(tǒng):用于單細胞捕獲和文庫構(gòu)建,功能包括微流控芯片技術(shù)實現(xiàn)高捕獲效率大于90%。
Illumina NovaSeq 6000測序儀:執(zhí)行高通量測序,功能支持雙端150bp reads生成,覆蓋深度達30x以上。
Fluidigm C1單細胞分離平臺:實現(xiàn)精確細胞分選,功能結(jié)合微流控技術(shù)確保細胞存活率大于95%。
Bio-Rad ddSEQ單細胞系統(tǒng):處理文庫制備,功能整合barcoding技術(shù)減少批次效應(yīng)變異小于10%。
Agilent Bioanalyzer:評估RNA質(zhì)量,功能通過電泳分析提供RIN值測量精度達0.1單位誤差。
Thermo Fisher QuantStudio實時PCR儀:驗證基因表達,功能支持qPCR檢測差異表達基因的fold change驗證。
NanoString GeoMx空間轉(zhuǎn)錄組系統(tǒng):結(jié)合空間位置分析,功能整合光學(xué)成像實現(xiàn)細胞定位精度10μm以內(nèi)。
1、咨詢:提品資料(說明書、規(guī)格書等)
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6、檢測出相關(guān)數(shù)據(jù),編寫報告草件,確認信息是否無誤
7、確認完畢后出具報告正式件
8、寄送報告原件